Santorini on saavutettavissa oleva strategiapeli, joka on tarpeeksi yksinkertainen ala-asteen luokkahuoneeseen, mutta pyrkii tarjoamaan pelisyvyyttä ja sisältöä hardcore-pelaajille tutkittavaksi. Säännöt ovat yksinkertaiset. Jokainen vuoro koostuu kahdesta vaiheesta:
1. Liiku - siirrä yksi rakentajistasi viereiseen tilaan. Voit siirtää rakentajasi samalla tasolla, nousta yhdelle tasolle tai laskeutua mihin tahansa määrään tasoja.
2. Rakenna - Rakenna sitten rakennustaso, joka on viereinen siirtämällesi rakentajalle. Kun rakennat kolmannen tason päälle, aseta sen sijaan kupoli, jolloin se tila poistuu pelistä.
Pelin voittaminen - Jos jokin rakentajistasi saavuttaa kolmannen tason, voitat.
Muuttuvat pelaajan voimat - Santorinissa on muuttuvia pelaajan voimia, jotka on kerrostettu muuten abstraktiin peliin, jossa on monia teemoitettuja jumala- ja sankarivoimia, jotka muuttavat perustavanlaatuisesti tapaa, jolla peliä pelataan.